Muzeul Mitropolitan Iaşi este organizat tematic, în şapte săli: 1. Sala Sinaxar Expoziţia de bază a acestei săli este dedicată iconografiei Sinaxarului Bisericii Ortodoxe. Este un spaţiu pregătit să găzduiască şi diferite evenimente culturale. 2. Sala Ofrandă Expoziţia din această sală ilustrează tema darului ritual în patru ipostaze: – oul roşu şi oul muncit pentru Sfintele Paşti; – pâinea rituală; – daruri către Sfântul Altar; – darul de muncă (trudă a mâinilor); 3. Sala Ctitorilor Zonele de expunere sunt cei doi pereţi l...aterali, cu suprafeţe generoase, continue, ce permit organizarea în acest spaţiu a expoziţiilor temporare realizate de diverşi creatori din zona Moldovei. 4. Sala Ekklesia În acest spaţiu sunt expuse obiectele folosite la săvârşirea Tainelor şi a Ierurgiilor din viaţa omului, de la naştere până la înmormântare. 5. Sala Calea Crucii Este un culoar îngust ce înconjoară prin exterior, fundaţia catedralei, pe care o face vizibilă prin cele 30 de nişe cu dimensiuni variabile, în care se organizează diverse expoziţii temporare până la montarea expoziţiei de bază, propusă a fi lapidariu. 6. Sala Istoria Duhovnicească a Moldovei Sala dispune de şase vitrine de perete, în care sunt prezentate repere marcante din cele peste şase secole de la recunoaşterea oficială de Patriarhia de Constantinopol a Mitropoliei Moldovei (1401). 7. Sala Baptisteriu Sala este organizată în jurul bazinului în care se săvârşeşte Taina Sfântului Botez pentru adulţi, care dă şi numele sălii. Bolta centrală, pictată de maestru Grigore Popescu, se sprijină pe opt coloane, având în partea superioară o deschidere care coincide la exterior cu Fântâna lui Mihail de Hodocin. Spaţiul este amenajat cu 14 nişe, absidiole, în care sunt expuse veşminte vechi ale mitropoliţilor Moldovei. Obiectele de patrimoniu folosite pentru organizarea expoziţiei de bază au aparţinut Mitropoliei şi reflectă istoriei religioasă a acestui locaş de cult.
