Muzeul funcţionează în clădirea cunoscută, în perioada interbelică, sub numele de Cuibul Reginei sau Pavilionul Regal. Clădirea se află amplasată pe fostul dig de intrare în port şi a fost proiectată şi realizată de inginerii portului Constanţa, sub directa îndrumare a lui Anghel Saligny, între anii 1909 - 1910. Concepută iniţial ca o construcţie din lemn semănând cu suprastructura unei ambarcaţiuni, va fi refăcută din cărămidă şi beton armat între anii 1927 - 1928. În 1965 latura de est a clădirii va fi demolată pentru realizarea accesul...ui rutier necesar construirii digului de larg. O ultimă intervenţie asupra clădirii va avea loc între anii 1983 - 1985. Muzeul prezintă tradiţiile şi activităţile portuare din perioada anticului Tomis până în zilele noastre.