Muzeul de la Hârșova a fost organizat în primii ani ai secolului XX de învățătorul Vasile Cotovu. Dascălul a moștenit dragostea pentru antichități de la tatăl său, Ioan Cotovu, întemeietorul școlii de stat din localitate. Muzeul este deschis împreună cu școala la 1 mai 1904 în prezența Regelui Carol I, a Reginei Elisabeta, Principelui Ferdinand, Principesei Maria, aflați, împreună cu alți membri ai Familiei Regale și Guvernului, în excursie pe Dunăre. Toți au semnat, cu această ocazie, în Cartea de Aur a Muzeului Regional al Dobrogei, cum s-a numit instituția la vremea respectivă. În timpul primului război mondial, muzeul este distrus în întregime. Este reorganizat și inaugurat oficial, pentru a doua oară..., de această dată în locuința personală a directorului școlii, la 29 mai 1926, de Regele Ferdinand și Regina Maria. În primii ani ai regimului comunist este desființat, piesele arheologice sunt duse la muzeul din Constanța, iar colecțiile de artă, etnografică, geologică, fotografică, sunt împrăștiate. După 1975 a fost reluată ideea reînființării muzeului de la Hârșova și pe măsură ce au început cercetările, în așezarea neolitică, în anul 1985, în necropolele, așezarea civilă ori fortificațiile antice, în anii 1987 - 1989 și mai ales după 1993, ca urmare a cantității uriașe de materiale arheologice de importanță excepțională, aceasta a devenit o necesitate imperioasă. Pentru reorganizarea muzeului, autoritățile locale au pus la dispoziție, în anul 2000, actuala clădire care a fost amenajată. După încheierea lucrărilor, în anul 2005 Ministerul Culturii și Cultelor a avizat funcționarea Muzeului Carsium ca secție a Muzeului de Istorie Națională și Arheologie Constanța. La 1 februarie 2006 muzeul este deschis publicului iar la 20 aprilie este inaugurat de Regele Mihai și Regina Ana. Muzeul ilustrează, prin cele mai reprezentative descoperiri de la Hârșova și împrejurimi, dezvoltarea civilizației materiale și spirituale din spațiul dunărean, din neolitic până la începutul epocii moderne. Sunt expuse piese cu valoare deosebită, unele prezentate în expoziții internaționale sau naționale, tipice culturilor neolitice (Hamangia, Gumelnița), culturii epocii metalelor, dezvoltării civilizației romane, romano-bizantine și medievale la Dunărea de Jos.