Colecția de botanică cuprinde specii de plante herboriate din Dobrogea și Delta Dunării (mai puțin specii acvatice), atât specii comune, cât și specii endemice, rare, amenințate cu dispariția (număr total de piese: 13.609). Colecția de entomologie cuprinde specii de insecte (coleoptere, himenoptere, diptere) din Delta Dunării, Dobrogea, alte regiuni ale țării și exotice (număr total de piese: 21.000). Colecția de mineralogie și paleontologie cuprinde minerale provenite din Dobrogea, Baia Mare și fosile de amoniți, echinoderme, pești, provenite din Dobrogea (număr total de piese: 1.104). Colecția de ornitologie este alcătuită din specii de piese răpitoare de zi și de noapte, acvatice, de stepă și paserif...orme. Colecția cuprinde specii rare, accidentale și amenințate cu dispariția. Piesele din colecție sunt naturalizate sau sub formă de balguri (690 piese naturalizate și 760 piese sub formă de balguri). Colecția oologică cuprinde 320 de ponte aparținând păsărilor răpitoare și acvatice. Colecția de mamifere cuprinde specii caracteristice Deltei Dunării și Dobrogei (număr total de piese: 50). Colecția de cranii și sternuri, cuprinde piese sub formă de cranii de mamifere și sternuri de păsări acvatice și răpitoare (număr de piese 220 cranii și 150 sternuri). Colecția de ihtiologie (preparate umede) cuprinde specii de pești din ihtiofauna Deltei Dunării, Marea Neagră și a oceanului Atlantic (SE și centru) și Oceanul Indian (partea de vest) (număr de piese formolizate: 153). Colecția de pești vii, cuprinde specii autohtone răpitoare și pașnice, dulcicole și marine, precum și specii dulcicole exotice originare din America Latină, America de Sud (partea nordică), Asia de Sud-Vest, Africa Centrală (peste 90 de exemplare autohtone, 17 specii și peste 50 exemplare exotice, 28 specii).