Muzeul funcționează în clădirea cunoscută, în perioada interbelică, sub numele de Cuibul Reginei sau Pavilionul Regal. Clădirea se află amplasată pe fostul dig de intrare în port și a fost proiectată și realizată de inginerii portului Constanța, sub directa îndrumare a lui Anghel Saligny, între anii 1909 - 1910. Concepută inițial ca o construcție din lemn semănând cu suprastructura unei ambarcațiuni, va fi refăcută din cărămidă și beton armat între anii 1927 - 1928. În 1965 latura de est a clădirii va fi demolată pentru realizarea accesului rutier necesar construirii digului de larg. O ultimă intervenție asupra clădirii va avea loc între anii 1983 - 1985. Muzeul prezintă tradițiile și activitățile portuar...e din perioada anticului Tomis până în zilele noastre.